Bei der Desinfektion von Kühlwasser mit Natriumhypochlorit (Chlorbleichlauge) handelt sich um eine Chlorung. Da viele Mikroorganismen Resistenzen gegen Chlor bilden, wird das Desinfektionsmittel nicht kontinuierlich in das Kühlwasser gegeben, sondern als Stoßbehandlung mit Konzentrationen bis 10 ppm dem Kühlwasser zugefügt. Zur Vermeidung von Resistenzen ist die periodische Behandlung mit einem zweiten organischen Biozid üblich. Für eine effiziente Desinfektion von Kühlwasser mit Chlor ist ein pH Wert von maximal 7,5 erforderlich, obwohl aus Korrosionsschutzgründen häufig höhere pH Werte angestrebt werden.
Die Bildung von Biofilmen im Kühlwasser wird mit Chlor nur behindert, aber nicht ausgeschlossen. Insbesondere bei organisch belastetem Kühlwasser entstehen bei der Chlorung zahlreiche chlorierte Nebenprodukte, die zu hohen AOX-Werten im Abwasser führen.